郑成功率领其部收服台湾后，打算经营台湾作为反攻明朝的基地。郑成功在台湾岛鼓励屯垦、发展农业、收服民心，可惜天妒英才，年仅39岁便去世了，其子孙统治台湾时期推行了一系列政策，对开发台湾地区做出了较大的贡献。

郑成功势力示意图

郑经在位时期为1662年至1681年，近二十年间，郑经集团继续推行开垦，另外积极剿灭海盗、拓展商业。清朝在大陆施行海禁政策，不允许海峡两岸进行商贸来往。但台湾地区依旧与大陆保持着走私贸易。此外，台湾也从德川幕府统治下的日本进口日本的银、铜等金属与盔甲，以武装军队。郑经还允许日本商人居于鸡笼（今基隆）。1672年英国东印度公司与台湾签订通商条约，向台湾军队贩卖西洋枪炮，聘请英国炮手出任台湾炮兵教练。郑经还发动了讨清战争，但并没有实质性的收获。

郑克监国时期较为短暂。1680年郑克就开始帮助郑经处理政务，郑经对他颇为放心，只是偶然阅览奏章。部分史籍称刚毅勇断，有乃祖风，深得民心，在执法上一秉至公，即便是宗室犯错也依法办理。今天台南市延平郡王祠有“夫死妇亦死，君亡明乃亡”之联，说的就是郑克夫妻。可惜当时的统治集团内部倾轧严重，郑克死于政治斗争。自此郑氏台湾国势开始衰退。

郑经

1681年6月，郑克塽在斗争中获得宝座，但此时台湾已连续三年发生水旱灾害，粮食歉收，米价飞涨，人民生活水平下降。此前连年反清战争徒劳无功，反而使得台湾府库空虚。为筹集粮饷，扩充军队，郑氏集团加强了对台湾各族人民的压榨和勒索，岛内阶级矛盾和民族矛盾空前激化，针对郑氏政权的斗争此起彼伏。连年征战使得基层士兵产生厌战情绪，由于财政困难对军队的待遇也并不理想，不断有台湾官兵驾船投奔清政府。

康熙二十一年（1682年）清朝开始准备攻取台湾，次年双方爆发澎湖海战，清将施琅大败郑军。郑氏政权激烈争论后选择向清朝投降，康熙二十二年八月三十施琅登陆台湾受降。

施琅府邸

随后郑克塽全家被送往京师，隶属汉军正红旗，受封为海澄公。台湾平定之后，清廷议政王等会议决议:将明郑后裔，安插直隶、河南、山东等省。清廷不许郑克塽回福建居住，将他与家人软禁在北京朝阳门外当年软禁其曾祖父郑芝龙的一条胡同里。康熙四十六年(1707年)秋，年仅37岁的郑克塽卒于北京，爵位无袭。郑克塽死后，其母黄氏向清廷要求发还郑家产业，但不了了之。